包囊被吞食后，包囊内的核分裂继续进行，在进入小肠下段，滋养体脱囊逸出，随粪便下降，寄生于盲肠、结肠、直肠等部位的肠腔。以肠腔内细菌及浅表上皮细胞为食。在多种因素的作用下，滋养体侵袭肠黏膜，造成溃疡，到一定范围和程度时，酿成痢疾。一般认为溶组织内阿米巴的致病性因素中，有三种致病因子已在分子水平广泛研究和阐明：①分子量为260×103半乳糖乙酰氨基半乳糖（Gal/GalNAC）凝集素（由分子量为170×103和35×103的亚单位通过二硫键连接组成的异二聚体）介导吸附于宿主细胞（结肠上皮细胞、中性粒细胞和红细胞）表面，吸附后还具有溶细胞作用；②阿米巴穿孔素（amoebaperforin）是滋养体胞质颗粒中的小分子蛋白家族，当滋养体与靶细胞接触时或侵入组织时就会注入穿孔素，造成宿主细胞形成离子通道的孔状破坏；③半胱氨酸蛋白酶是虫体最丰富的蛋白酶，其分子量为30×103，可使靶细胞溶解，并有降解补体C3为C3a，而阻止补体介导的抗炎反应。阿米巴滋养体不仅能吞食红细胞，并且有迅速触杀白细胞的能力，这种触杀力的强弱，可以作为判断虫株毒力的指标。宿主的健康状况及滋养体的毒力程度可能与造成病变有关，滋养体的毒力并非固定不变的，可以通过动物传代而增强，也可在多次人工培养后而减弱。某些革兰阴性菌可以增强滋养体的毒力，如产气荚膜杆菌等可以明显增强实验动物感染率和病变程度。
阿米巴痢疾的病变部位多发生于盲肠或阑尾，也易累及升结肠、乙状结肠及直肠，偶及回肠下段。病变以局限性黏膜下小
脓肿开始，其孤立散在分布。组织破坏逐步向纵深发展，自黏膜下层直至肌层，形成口小底大的典型烧瓶样溃疡。早期病变仅可见黏膜小溃疡，表面周围略上翻，但边缘不整齐，溃疡表面可见深黄色或灰黑色坏死组织，在其深部可找到滋养体。溃疡与溃疡之间的黏膜一般正常，如无继发
细菌感染，则无炎症反应。但由于黏膜下组织较为疏松，故滋养体可顺长轴向两侧扩展，使大量组织溶解而形成多窦道相通的蜂窝状区域。溃疡底部的血管有血栓形成，但有时病变可破坏小动脉酿成严重甚至危及生命的出血。溃疡亦可穿破肌层直至肠壁，使后者变得极薄，肠内容可以渗漏至腹腔，或穿破肠壁，造成局限性腹腔脓肿或弥漫性腹膜炎。滋养体也可进入门静脉血流，在肝内形成脓肿，且可以栓子形式流入肺、脑、脾等组织与器官，形成脓肿。在慢性病变中，息肉样残片可伸向肠腔。溃疡愈合后仍可见到瘢痕痕迹。由于滋养体反复侵入黏膜，加以细菌
继发感染，致使肠黏膜组织对阿米巴刺激的增生反应，伴慢性炎症和纤维化，可出现大块状肉芽肿，成为阿米巴瘤（amoeboma），多见于盲肠、横结肠、肛门直肠交接处，质硬，难以与大肠癌相鉴别。病变在显微镜下所见，
组织坏死伴少量的炎症细胞，以淋巴细胞和浆细胞浸润为主，由于滋养体可溶解中性粒细胞，一般中性粒细胞极少见，但有细菌继发感染时，仍可见到较多中性粒细胞。阿米巴滋养体满布于整个病损中，尤其多见于病损扩展的边缘，甚至在邻近的正常组织中也有存在。
