阿米巴肝脓肿的主要并发症为继发细菌感染及脓肿向周围组织突破，继发细菌感染时寒战，高热较明显，毒血症加重，血白细胞总数及中性粒细胞均显著增多，脓液呈黄绿色，或有臭味，镜检有大量脓细胞，但细菌培养阳性率不高，阿米巴肝脓肿蝗向周围器官穿破，如穿过膈肌形成脓胸或肺脓肿 ，穿破至支气管造成胸膜-肺-支气管瘘，穿破至心包或腹腔引起心包炎或腹膜炎 ，穿破至胃，大肠，下腔静脉，总胆管，右侧肾盂等处，造成各脏器的阿米巴病，除穿破至胃肠道或形成肝-支气管瘘外，预后大多恶劣。
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