异位骨化的病因不很清楚，因此预防困难。其产生可能与损伤早期过度活动肢体有关。
目前，在预防异位骨化方面有效的药物为Didronel(Etridronate disodium)。此药具有调节骨化生物学作用的焦磷酸盐的性质，在活体可防止软组织钙化。
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