细菌是引起脓尿的主要原因，以杆菌最常见，大肠埃希菌占60％－80％，其次为副大肠杆菌、变形杆菌、葡萄球菌、粪链球菌、产碱杆菌、产气杆菌。复杂性肾盂肾炎 常见绿脓杆菌。少数情况两种或两种以上细菌同时感染称混合感染。除细菌外，霉菌、原虫（丝虫）、埃及血吸虫、滴虫、包虫、巨病毒（儿童易出现）等。结核杆菌引起的泌尿系统结核虽为细菌感染但临床表现特殊。
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