肥胖症患者的实验室检查主要是除外继发于其他疾病的继发性肥胖症和对肥胖相关疾病的检查。通过皮质醇节律结合小剂量地塞米松抑制试验可以除外库欣综合征，而甲状腺功能检查有助于除外甲状腺功能减退症。MRI有助于发现由于下丘脑摄食中枢病变导致的肥胖症。3小时葡萄糖耐量试验有助于判断肥胖患者糖耐量状态，血脂、肝肾功能、性腺轴功能、呼吸睡眠监测、心功能评价、肝脏和血管彩超有助于筛查肥胖症患者相关的并发症如脂肪肝、呼吸睡眠暂停低通气综合征和动脉粥样硬化等。
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