微小病变性肾病的发病机制不明，其特征为肾小球毛细血管壁阴电荷的丢失，本病也可发生于移植肾，因此，支持了循环血中可能存在耗损肾小球阴电荷的体液因子的看法，后者损害了肾小球的电荷屏障，产生选择性蛋白尿，另外，在何杰金病 并发的微小病变性肾病，对类固醇和烷化剂有效，切除受累淋巴结后肾病可迅速缓解，某些病人并发病毒感染如麻疹 后，疾病也缓解，这些都提示Ｔ淋巴细胞功能异常，由其产生的某些淋巴因子，使肾小球毛细血管壁通透性增加，但该种物质至今尚未能得到明确证实。
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