可以引起播散性疱疹，疱疹性脑膜炎 ，前列腺炎 ，直肠炎，盆腔炎 ，脊髓神经根疾病等一系列并发症，在艾滋病 流行的地区，该病还可增加艾滋病病毒感染的危险性。
部分生殖器疱疹病毒HSV1可能经周围神经沿神经轴转入三叉神经节，HSV2则转入骶神经节长期潜伏于神经细胞内，如机体受到创伤，高热，过敏，月经等原因引起感染和复发时，会并发腰髓部神经炎，脊髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛，膀胱麻痹等症，另外，生殖器疱疹常与其他性传播疾病如淋病 ，非淋菌性尿道炎 ，梅毒 ，尖锐湿疣 ，阴道念珠菌病 ，滴虫等混合感染，故在诊治中应该加以重视。
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