有些病人发生不可逆的慢性移植物排斥，其他后期并发症包括药物毒性，潜在的肾疾病再发，强的松副作用及感染，再者，同种肾移植病人的恶性肿瘤发生率有所增加，发生上皮癌的危险性较正常人大10~15倍，淋巴瘤 的危险性大约30倍左右，肿瘤的处理与对非免疫抑制性病人的癌症相同，治疗鳞状上皮癌一般不需减少或停用免疫抑制剂，但处理进展较快的肿瘤和淋巴瘤则主张暂停免疫抑制剂，近年来在移植物受者，EB病毒有关的B细胞淋巴瘤十分多见，虽然已假定各种肿瘤都与应用环孢菌素和ALG或OKT3有关，而更像的是与采用更有效的免疫抑制剂过度抑制免疫相符合。
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