肉毒中毒可能与Guillain-Barré综合征，脑卒中，蜱媒性麻痹以及由箭毒或颠茄生物碱引起的中毒混淆.肌电图的检查对诊断是有帮助的，因为在大多数患者中能产生对快速重复性刺激的特征性增强反应，早期由于咽干，红，痛，应与咽炎鉴别;呕吐，腹痛 ，便秘 ，应与肠梗阻 ，肠麻痹相鉴别;黏膜干燥，瞳孔扩大应与阿托品或曼陀罗中毒 相鉴别;还需与河豚或草蕈所致的食物中毒 鉴别，这两种生物性食物中毒亦可产生神经麻痹症状，但河豚中毒轻者为指端麻木，重者则为四肢瘫痪 ，明显无力及瘫痪须与多发性神经炎 ，重症肌无力 ，白喉 后神经麻痹，脊髓灰质炎 等相鉴别。
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