过硼酸钠较具碱性，在肠道中与酸作用，可分解为硼酸盐(如NaBO2)，硼酸与过氧化物(如过氧化氢)，至于硼酸盐对人体的毒性并不高，但在大量暴露时，可对人体延髓areapostrema造成刺激，而引起自发性呕吐，另外，硼酸盐在单次大量或重覆暴露时，可对中枢神经系统与肾臟产生毒性，并可能引起维他命B2(riboflavin)缺乏。
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