畸胎瘤通常为单发的独立病种，但是部分病例仍可能合并有先天畸形。部分骶尾部畸胎瘤合并有Currarino 三联征(肛门直肠畸形、骶骨发育不全和骶前包块);其他相关报告的有泌尿生殖系统畸形(尿道下裂，膀胱输尿管返流，双阴道或子宫等)，先天性髋关节脱位，中枢神经系统病变(无脑儿，Dandy-Walker畸形，脊柱裂及脊髓脊膜膨出)。Klinefelter”s综合征(与纵隔畸胎瘤密切相关)，另外还有非常罕见的综合征如：13三体综合征，21三体综合征，Morgagni”s疝气，先天性心脏病， Beckwith–Wiedemann综合征，翼状胬肉，唇裂，腭裂等，还有更少见的Proteus和 Schinzel–Giedion 综合征。
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