脊索瘤发生转移的机率不高，位于骶尾部的脊索瘤发生转移者较多，而颅底与骶椎以上脊柱的肿瘤转移的却很少，一般均在肿瘤发生10年以后才出现转移，局部淋巴结常被累及，随后血运转至肺，肝脏以及腹膜等，枕部含有丰富软骨成份的脊索样脊索瘤，较常见脊索瘤的预后为好。
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