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一般原发经过2到2天潜伏期后发病，病程约20天，之后病毒潜入神经结，成为隐性，之后，38%则首次感染后1年内发作6次以上，平均则一年发作4次，感染第2型者尤易复发。复发唇疱疹约在十至十四天内痊愈，在此期间除了避免伤口与人接触外，也要避免刮胡子刮破水泡、吸吮手指、
咬指甲等行为，否则可能在原先病灶未痊愈时，其他部分皮肤又再出现新的水泡。
再发之诱发因素包括外伤、日晒、月经、情绪紧张，及压力、手术、熬夜、失眠等。有人乐观的认为发病表示自己太累了，刚好提醒自己休息，然而现今的研究显示，即使在无临床症状下，病毒仍可能会产生，而引起扩散或传染！甚至有人认为其实多数交互传染是发生在皮肤外观正常无疱疹的阶段（Brock研究占80%）尤其在初感染1年内，3%的日子里都会排出必病毒，而70%的人是被无症状的人所传染。
研究也发现感染生殖器第二型疱疹者，一年内传给另一人的机会是10%。如果产前两周内正好发病，也有学者建议剖腹产，以免传染给小孩。统计上初次感染发病，通知产道感染率为50%，但复发性疱疹则小孩感染率为1%。如果怀孕中有生殖器疱疹且仍预计采自然生产者，可于怀孕36周后使用acyclovir400mgtid预防。
治疗上唇疱疹至今仍无所谓断根的疗法，但虽会自愈，但偶尔产生严重并发症，如疱疹性湿疹（eczemaherpeticum）、脑膜炎及大脑炎（尤其在小孩与儿童）、角膜
结膜炎、新生儿疱疹（死亡率可高达20到50%）、子宫颈部疱疹。有人提倡持续服抗病毒药一年，认为可明显减少复发，但除去金钱考量外〈约五万五千元〉，每天都需服药也是不便，而且也不是真正断根疗法，因此除非特别严重之病例外，一般仍以外用或间歇性口服治疗为主。www.eyaocai.com
在外用方面，包括优碘、氧化锌、芦荟、红藻、人Q、紫药水及各式抗生素，甚至类固醇都有人使用，但其实都只在消炎、消肿或帮助水泡乾燥、结痂，只是单纯性的伤口处理；真正预防性或抗病毒之疗法，至一九六○年才出现，但因皮肤穿透性不佳，因此当八○年代Acyclovir出现后，外用抗病毒药才真正普及。
Acyclovir外用虽无法完全抑制疱疹发作，但仍能缩短发作痊愈时间及病灶严重度，只可惜健保本身并不支付此一药品之费用，而除原上市acyclovir以外，tromantadine、Famvir、Valtrex也至少有相同疗效，但一样不被健保给付。
据最近研究，在发疹前24内用药，给予Famvir一次1500mg，能让水疱乾掉时间由6.6天缩短为4.5天，如果是750mg两次，服用一天，则可缩短为4.1天。长期每天服用抗病毒药物一年，约有25-30%患者不再复发，也可减少80-94%的无症状病毒排出，将异性伴侣间传染减少一半。
史克美占药厂，则对预防性疫苗研究，但只对未感染的女性有效，男性则无效。（Herpes.2004Aug;11Suppl3:161A-169A）。另外值得注意的是感染生殖器疱疹者，感染HIV机会比一般人高2到4倍。
根据美国疾病管制局CDC，MMWR2002建议，生殖器疱疹主要卫教内容如下：
疱疹自然病程及复发可能本文来自药材网
现有药物有效性，但无法根治
传染性及无症状传染
有症状或先驱症状应避免性行为
持续使用保险套可减少感染
应据实告知性伴侣
性伴侣应做血清检查
血清呈阳性但无症状者注意事项相同，但不需治疗
对怀孕及新生儿影响
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