许多研究人员认为是由于病毒对基质的直接侵害，而这种可观察到的病变很可能是对此过程的免疫反应。目前已很明确的是，长期用皮质类固醇治疗疱疹性上皮性溃疡而不联合应用抗病毒剂，在基质中可找到病毒颗粒。除了这些病毒颗粒以外，也可以在角膜细胞的细胞膜中找到病毒抗原。病毒可以持续存在于角膜的这些深层的坏死性瘢痕之中，而且，在需要行角膜移植的病人，如果可见的基质性瘢痕不能完全切除，病毒对移植片基质的侵害可成为重要的不利因素。

某些HSV株产生基质性病变，其他的则不产生。如果给兔眼接种某一种致基质病变的病毒株，在显著的基质病变出现之前，病毒似乎必须在基质中增殖一周左右。在病毒增殖期末，当病毒的数量迅速下降时，宿主对病毒和病毒抗原的反应将产生严重的坏死性角膜炎。就其实践性意义而言，这是一种纯抗原-诱导的继发于HSV感染且有高度病毒株特异性的基质性病变。在动物模型，如果在感染后的第一天或第二天用抗病毒剂治疗，患眼的基质性病变就可以预防。如果抗病毒治疗延误到了此早期治疗期之后以至于基质已被病毒侵犯而且病毒的抗原已经产生，抗病毒剂就会无效。不过，在这种情况下，皮质类固醇的应用似乎是有益的而且似乎很少对病人增加额外的风险或使疾病恶化。

先天性角膜异常包括角膜大小、形状等方面的先天性异常以及一些其他先天性疾病。

大角膜：角膜直径大于正常，超过12mm，无器质性改变者。大角膜一般双眼对称，角膜透明，边界清楚，眼压正常，前房较深，属非进行性。常有屈光不正，但亦可有正常视力。可是有两个令人焦虑的并发症，即由晶体脱位或半脱位所致的青光眼和白内障的形成。其为家族遗传病，不应与先天性青光眼的“牛眼”或“水眼”相混淆。

小角膜：角膜直径小于正常，在10mm以下，或一眼直径比另一眼小1mm。眼前段亦较小，角膜弯曲度大，故折光率相对增大而常有高度屈光不正或弱视，但亦可因眼球小、眼轴短而保持正视甚或有可能远视。如整个眼球小，则称小眼球。往往为常染色体显性遗传。

扁平角膜：为常染色体隐性遗传，是一种角膜弯曲度特别小的先天异常。临床表现为角膜呈平面，巩膜前部也较扁平，有时角巩缘分界不清，角膜基质可有弥漫性混浊，其中央有一个致密白斑；有时直径也较小，前房浅，常伴有屈光不正，或合并有前青年环、虹膜缺损、先天性白内障、晶体异位及视网膜、脉络膜缺损等症。其原因为角膜发育中止所致。

先天性角膜混浊：为常染色体隐性或显性遗传，有人认为与妊娠早期母体子宫内膜炎有关；可因胎儿期晶体泡未能或延迟与表面外胚叶分离所致，或是中胚叶瞳孔膜与角膜粘连的结果。角膜混浊与生俱来，多位于中央或旁中央区域。角膜周围形成的环形灰色混浊，称青年环。可单眼或双眼发生。全角膜表现如巩膜样混浊，称为完全巩膜化角膜。其表层有分枝血管网从巩膜扩展至全角膜，属非进行性，亦无明显炎症表现。